[آقای خامنه‌ای، رئیس جمهور، طی نامه‌ای به محضر امام خمینی اعلام داشت:
... پیشنهاد مشخص اینجانب که قبلاً نیز کتباً و شفاهاً معروض گردیده، این است که:
1- کلیه امور مربوط به نیروهای مسلح، ارتش، سپاه، ژاندارمری اعم از عملیات، پشتیبانی، امور سازمانی و اداری و غیره به شخص واحدی مفوض و محول گردد.
2- شخص مزبور از سوی حضرتعالی موظف گردد که امور را از نزدیک و با قاطعیت تمشیت کند.
3- دادگاه نیروهای مسلح موظف گردد که در تعقیب قضایی متهمین و اجرای محکومیتها به‌طور کامل از نظر و دستور وی تبعیت کند. با توجه به همه جوانب، به نظر اینجانب، تنها فرد مناسب برای تصدی این مسئولیت مهم، جناب آقای هاشمی رفسنجانی است. امام خمینی در پاسخ چنین مرقوم فرمودند:].جناب حجت الاسلام آقای حاج شیخ علی اکبر هاشمی رفسنجانی - دامت افاضاته
با توجه به درگیری رویاروی امریکای جهانخوار علیه اسلام و ایران و هماهنگی غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامی و جلوگیری از پیروزی اسلام، به پیشنهاد رئیس جمهور محترم، جناب حجت الاسلام آقای خامنه‌ای - دامت افاضاته جنابعالی را با تمام اختیارات به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب می‌نمایم. و جنابعالی موظف به اجرای دستورات ذیل می‌باشید:
1- ایجاد ستاد فرماندهی کل تا تهیه زمینه وحدت کامل.