[آقای خامنه‌ای، رئیس جمهور، طی نامه‌ای به محضر امام خمینی اعلام داشت:
... پیشنهاد مشخص اینجانب که قبلاً نیز کتباً و شفاهاً معروض گردیده، این است که:
1- کلیه امور مربوط به نیروهای مسلح، ارتش، سپاه، ژاندارمری اعم از عملیات، پشتیبانی، امور سازمانی و اداری و غیره به شخص واحدی مفوض و محول گردد.
2- شخص مزبور از سوی حضرتعالی موظف گردد که امور را از نزدیک و با قاطعیت تمشیت کند.
3- دادگاه نیروهای مسلح موظف گردد که در تعقیب قضایی متهمین و اجرای محکومیتها به‌طور کامل از نظر و دستور وی تبعیت کند. با توجه به همه جوانب، به نظر اینجانب، تنها فرد مناسب برای تصدی این مسئولیت مهم، جناب آقای هاشمی رفسنجانی است. امام خمینی در پاسخ چنین مرقوم فرمودند:].جناب حجت الاسلام آقای حاج شیخ علی اکبر هاشمی رفسنجانی - دامت افاضاته
با توجه به درگیری رویاروی امریکای جهانخوار علیه اسلام و ایران و هماهنگی غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامی و جلوگیری از پیروزی اسلام، به پیشنهاد رئیس جمهور محترم، جناب حجت الاسلام آقای خامنه‌ای - دامت افاضاته جنابعالی را با تمام اختیارات به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب می‌نمایم. و جنابعالی موظف به اجرای دستورات ذیل می‌باشید:
1- ایجاد ستاد فرماندهی کل تا تهیه زمینه وحدت کامل.

2- هماهنگی کامل ارتش، سپاه، بسیج و نیروهای انتظامی در تمامی زمینه‌های دفاع مقدس اسلام. بدیهی است انسجام و ادغام مورد قبول و صحیح ادارات و سازمانهای مربوط و پشتیبانی کننده در هماهنگی نیروهای مسلح نقش اساسی را دارا خواهند بود.
3- تمرکز صنایع نظامی و تهیه مایحتاج دفاع مقدسمان و انسجام امکانات تعمیراتی، پشتیبانی، فنی، مهندسی، رزمی، آموزشی و تحقیقاتی و نیز بسیج همه امکانات و ابزار در جهت اهداف مشخص از سوی فرماندهی کل.
4 - سعی در استفاده هرچه بهتر از امکانات و نیروها؛ و جلوگیری از به کار گرفتن امکانات مادی و معنوی در غیر موارد ضروری. و در همین راستا، حذف یا ادغام سازمانها و تشکیلات تکراری و غیرضروری.
5- تمرکز امور تبلیغی و فرهنگی نیروهای مسلح در تمام زمینه‌ها.
6- استفاده درست و قاطع از قوانین دادگاه نظامی در زمان جنگ و تنبیه متخلف در هر رده.
7- بهره برداری صحیح از کمکهای مردمی در تمامی زمینه‌ها.
قوای مقننه و اجراییه و قضاییه موظفند تمامی امکانات و سیاستهای خود را در جهت نیازهای جنگ به کار گیرند.
از مردم عزیز ایران و نیروهای نظامی و انتظامی می‌خواهم تا با صبر و شکیبایی انقلابی و با قدرت و استقامت در مقابل توطئه‌های استکبار جهانی ایستادگی نمایند؛ و مطمئن باشند که پیروزی از آنِ صابران است. جهان امروز غرق در نامردمیها و حیله‌هاست؛ و شما یاران اسلام در اوج قداست و شرافت می‌باشید. من به همه شما دعا می‌کنم، خداوند یار و پشتیبان مبارزانِ راه خدا باد. توفیق جنابعالی را از خدای تعالی مسئلت دارم. والسلام علیکم و رحمة الله.