(1)- به دلیل مواضع ناصواب انجمن حجتیه و بهره برداریهای رژیم شاه و همکاری برخی از اعضای آن با رژیم شاه، امام خمینی پس از اطلاع از این مسائل، اجازه صادره قبلی را لغو نمودند. ایشان در سال 1350 در پاسخ به نامه آقای گرامی که خواستار اعلام نظر در مورد وضع انجمن حجتیه و مؤسس آن شده بود، چنین نوشته‌اند: «شخصی که مرقوم شده بود: جلساتش ضررهایی دارد، از وقتی مطلع شده‌ام تأییدی از او نکرده‌ام و ان شاء الله تعالی‌ نمی‌کنم».
امام خمینی در پیام معروف به «منشور روحانیت» می‌نویسد: «... دیروز حجتیه‌ای‌ها مبارزه را حرام کرده بودند و در بحبوحه مبارزات، تمام تلاش خود را نمودند تا اعتصاب چراغانی نیمه شعبان را به نفع شاه بشکنند، امروز انقلابی تر از انقلابیون شده‌اند! ولایتی‌های دیروز که در سکوت و تحجّر خود آبروی اسلام و مسلمین را ریخته‌اند، در عمل پشت پیامبر و اهل بیت عصمت و طهارت را شکسته‌اند و عنوان ولایت برایشان جز تکسّب و تعیّش نبوده است، امروز خود را بانی و وارث ولایت نموده و حسرت ولایت دوران شاه را می‌خورند!».
آقای هاشمی رفسنجانی در مصاحبه‌ای در مورد انجمن حجتیه و لغو اجازه از سوی امام خمینی چنین می‌گوید:
«جریان دیگری که ظهور کرده بود. انجمن حجتیه بود. این گروه سالها پیش به فکر افتادند که مبارزه با بهایی‌ها را شروع بکنند و انجمن تشکیل دادند، و کارشان شناسایی بهایی‌ها بود و آنها را محکوم می‌کردند و جلوی جذب شدن مسلمانها را به آنها می‌گرفتند. بطور کلی رژیم از این گونه کارها خوشش می‌آمد چون این نوع کارها خیلی به رژیم برخورد نمی‌کرد و آنها نیز به افرادشان دستور داده بودند که در کارهای سیاسی دخالت نکنند و مبارزه را ممنوع کرده بودند. و رژیم هم مزاحمشان نمی‌شد. آنها کلاسهایی ترتیب داده بودند و بچه مسلمانها را جمع می‌کردند و دوره اصول عقاید را به آنها یاد می‌دادند. چون این گروه مبارزه را قبول نداشتند و یکسری از نیروهای مبارز را جذب می‌کردند، ما با این‌ها مخالف بودیم.
انتقادی که ما به این‌ها داشتیم این بود که اینها می‌روند و یک سری از نیروهای جوان را جمع می‌کنند و در خیلی جاها مبارزین به آنها پیوسته بودند. میدان مبارزه خالی می‌شد و ما فکر می‌کردیم که کار اصلی‌مان الان باید مبارزه با رژیم باشد و اینها کارهای تخدیری است. لذا یک درگیری بین آنها و نیروهای خط امام وجود داشت که حتی امام اول اجازه استفاده از سهم امام را گویا به اینها داده بودند و بعد که به این حد رسید پس گرفتند. یکی از مدرسین قم از امام پرسید و امام جواب دادند که نه سهم امام نمی‌شود به اینها داد. و طبعاً آنها هم دنبال آقای خویی می‌گشتند.»